Le vaisseau ramenant les rescapés de la mission sur Achéron [[cf. le film Aliens]] connaît une avarie. Une capsule de secours s’écrase sur « Fiorina 161 », une colonie pénitentiaire en partie désaffectée. Une seule survivante est découverte : Ripley.
Entourée de deux gardes, d’un médecin et d’un petit groupe de prisonniers ayant fondé une nouvelle religion, la rescapée de deux affrontements avec des Aliens soupçonne que le crash de son vaisseau a été provoqué par un Alien dissimulé à bord…. une première personne disparaît.
La situation est d’autant plus critique qu’il n’existe aucune arme sur place. Le contraste avec le deuxième film de la saga est évident. Une autre différence notable réside dans l’apparence de l’Alien ayant incubé dans le corps d’un chien.
Le groupe de prisonniers mystiques comporte exclusivement des hommes affectés par le syndrome XYY. S’il existe bel et bien le scénario du film surfe sur la croyance qu’il causerait des pulsions criminelles. Dans la réalité les personnes affectées connaissent statistiquement une croissance plus rapide et un Q.I. plus faible.
Ce premier film de David Fincher se déroule dans une atmosphère sombre et désespérée. On notera que la méthode pour se débarrasser de l’Alien est similaire à celle utilisée dans Terminator 2 sorti l’année précédente.