– Le Mayflower approche, il a des problèmes. Il arrive à la vitesse d’un pétard allumé monsieur. Leur computer est en l’air, leur pilote dans un trou noir et il vole sur commandes manuelles.
– Il faut que nous montions à la tour.
– Nous n’avons pas de tour monsieur.
– Pas de tour ?
– Il n’y a qu’un abri souterrain.
– Pourquoi ne suis-je jamais averti des choses qui se passent ici ?!
Suite à la prise de contrôle par l’ordinateur de bord, la navette spatiale Mayflower est en détresse. Une fois de plus[[cf. le premier film Y a-t-il un pilote dans l’avion ?]] l’hôtesse de l’air Elaine Dickinson (Julie Hagerty) se retrouve seule aux commandes. À qui pourrait-elle bien faire appel ? Tiens, son ancien fiancé Ted Crochet (Robert Hays) ne se trouve-t-il pas à bord après s’être échappé de l’hôpital psychiatrique ?
Sur Terre, les réactions sont mitigées. En Angleterre, on est davantage préoccupé par la nouvelle selon laquelle le prince Charles a commencé à porter les vêtements de Lady Di. En revanche à Moscou, on se réjouit que des centaines de capitalistes vont bientôt périr dans le désastre de la navette.
Cependant sur la base lunaire Alpha Beta, le commandant Buck Murdock (William Shatner) décide d’intervenir. Mais que peut-il faire ? Hum, rien… Ah si, pester contre ces centaines et ces milliers de lumières qui clignotent, sans que personne ne sache pourquoi.
Dans la lignée du premier film, ce deuxième volet procure une avalanche de gags et d’allusions, cette fois principalement aux films de science-fiction.