Carl Denham (Jack Black), un cinéaste en quête de notoriété, emmène son équipe tourner un film sur Skull Island où, dit-on, les indigènes adorent une puissance mystérieuse. Une aventure romantique entre la bête (Andy Serkis), capturée dans la jungle et amenée à la ville où elle va affronter son tragique destin, la belle Ann Darrow (Naomi Watts), jeune actrice de vaudeville au chômage, et Jack Driscoll (Adrien Brody) un scénariste new yorkais dont le cœur et le courage vont être mis à l’épreuve.
L’action se situe dans les décors de Skull Island et le New York de la Grande Dépression restitués au détail près grâce aux effets spéciaux réalisés par Weta Digital et Weta Workshops.